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高龍寺は、寛永10年（1633年）、松前法源寺の末寺として亀田村（現在の万代町）に創建された、函館最古の曹洞宗寺院です。幾度かの移転や火災を経て、明治12年（1879年）に現在の地に落ち着きました。高龍寺の象徴ともいえる総ケヤキ造りの山門は、明治44年（1911年）に完成しました。名工たちによる彫刻が施されたこの山門は、明治末期の木造建築の貴重な遺構として高く評価されています。また、函館戦争の際には榎本軍の傷兵たちの病舎として使用されましたが、官軍兵士の乱入によって十数名が斬殺されるという悲劇があり、この出来事を伝える「傷心惨目の碑」が本堂右手に建立されています。

また、法堂、山門、鐘楼堂をはじめ、境内の多くの建造物が国の登録有形文化財に指定されているほか、蠣崎波響の最高傑作といわれる「釈迦涅槃図」を所有していることでも有名です。